近期,動物研究所科學數據中心林聰田博士與中國科學院城市環境研究所黃乾生研究員團隊發揮各自數據優勢,開展多學科數據交叉合作,共建“細胞外囊泡數據庫”,相關數據論文成果以《EV-COMM: A database of interspecies and intercellular interactions mediated by extracellular vesicles》為題在細胞外囊泡權威期刊《Journal of Extracellular Vesicles》(IF="16)發表。科學數據中心林聰田博士為本文共同通訊作者。細胞外囊泡(Extracellular" vesicles,EVs)是由生物體分泌的納米級顆粒,通過攜帶、傳遞RNA、蛋白質和代謝產物等功能分子,介導環境與生物體、以及生物體之間的互作,成為廣受關注的信號通訊載體。已有EVs數據庫關注EVs中的功能分子,但沒有納入互作的物種信息,缺乏EVs介導的完整互作知識鏈條數據,無法滿足領域的數據需求。本研究利用《環境健康主題數據庫》在環境脅迫數據、胞外囊泡數據方面的積累和《中國動物主題數據庫》在物種信息、物種合作方面的數據積累,雙方緊密合作,開發了“細胞外囊泡數據庫”,收集、整合和展示了細胞外囊泡介導的1400多條相互作用事件,涵蓋蛋白質,脂質,DNA,RNA四種功能分子,213種生物體,46種組織/器官。科學數據中心團隊主要負責數據庫設計、物種數據關聯和服務平臺開發。
論文鏈接:https://isevjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jev2.12442

EVs介導的物種互作示意圖