中國科學院大學工會隸屬于中國科學院工會。截止2023年9月共有會員2500余名，67個工會小組，17個教職工文體協會，工會/教代會辦公室負責工會、教代會的日常工作。
中國科學院大學工會是學校聯系全體教職工的橋梁和紐帶，在學校黨委和上級工會的領導下，高舉中國特色社會主義偉大旗幟，深入貫徹落實習近平新時代中國特色社會主義思想和中國工會十七大精神，認真履行參與、維護、建設、教育四項社會職能，把維護職工合法權益、竭誠服務職工作為工會工作的出發點和落腳點，全心全意為廣大教職工服務。近年來，校工會連續獲得中國科學院第八屆、第九屆和第十一屆“全民健身日”活動先進單位稱號，2023年榮獲中國科學院“模范職工之家”的稱號。
中國科學院大學工會將始終堅持黨的領導，增強政治性、先進性、群眾性。堅持服務學校中心工作，凝心聚力，深入推進工會改革創新。堅持面向廣大教職工，維護教職工的合法權益，充分激發工會組織活力，廣泛動員教職工參與學校民主管理和民主監督，鼓勵教職工為學校發展建言獻策，更好地發揮橋梁紐帶作用，提升工會、教代會在學校事業發展、參與學校治理和服務廣大教職工的能力，為中國科學院大學早日躋身世界頂尖大學行列貢獻力量。
