學生社團是在我校黨委領導和團委指導下，根據成長成才需要，結合自身興趣特長，開展活動的群眾性學生團體，旨在通過社團的各種活動和項目，為同學們提供一個貼近生活、互相交流、共同成長的平臺。
我校社團活動涵蓋思想政治類、學術科技類、創新創業類、文化體育類、志愿公益類、自律互助類幾大種類。學術科技類社團以學術研究和學習交流為主，通過定期舉辦學術論壇、研討會、讀書會等活動，旨在提高學生的學術素養和研究能力，培養“科學家精神”。武漢教育基地“小洪山記者團”、動物研究所“律動的銀杏林”、蘭州教育基地《科蘭學子》編輯部、化學研究所“化學元素”化研社、上海生命科學研究院“求索講壇”等社團將學習與興趣愛好結合，為廣大青年服務。
自律互助類社團通過組織講座、討論會、培訓課程等促進成員之間的交流學習，幫助成員提高自我管理能力。
文化體育類聚焦于文化藝術領域，以文藝比賽、體育競技、健身課程等形式開展，為學生提供展示才藝、欣賞藝術、強身健體的平臺。國科大博士合唱團、民族管弦樂團、追夢話劇社等社團每年積極參加各類文藝活動，并定期舉辦專場演出。上海分院籃球協會、成都教育基地羽毛球協會、國科大愛跑協會等社團積極舉辦和參與各類比賽。
志愿公益類社團是由志愿者組成的主要著眼于社會服務的組織，活動涉及社區服務、環境保護、教育支持、健康關懷等多個領域，培養學生的社會責任感和實際操作能力。上海天文臺青年志愿者協會、理化技術研究所“向日葵”愛心社、國科大青年志愿者協會、科苑支教社等志愿組織積極參與公益服務。
創新創業類社團活動以科技創新和發明為主，如組織科技比賽、創新創業大賽、科研項目等，激發學生的創造力和實踐能力，提升學生的組織力、引領力、服務力。
