1977年9月10日，中國科學院向國務院報送了《關于招收研究生的請示報告》，提出委托中國科技大學在京區(qū)各所的大力協(xié)作下在北京籌辦研究生院。月底，報告獲得批準，國家決定在中國科學院所屬的66個研究所和四所大學恢復研究生制度。11月3日，經國務院批準，中國科學院與教育部聯(lián)合發(fā)出《關于一九七七年招收研究生具體辦法的通知》，標志著我國研究生教育制度中止了12年之后的恢復。
1977年12月19日，中國科學院批復同意研究生院機構設置和人員編制。1978年3月1日，中國科學技術大學研究生院在北京正式成立。3月31日，國務院批復中國科學院，同意嚴濟慈任中國科學技術大學研究生院院長，馬西林等任副院長。研究生院于1978年10月14日舉行開學典禮。
研究生院設有數(shù)學、物理、化學、天文、地學、生物學、無線電技術、計算機工程、空間技術、環(huán)境科學以及科學組織管理等專業(yè)。中國科學院的73個研究所與208所高校及中國社科院、部委所屬89個單位，于1978年招收了恢復研究生教育后的第一批研究生。1978年，中國科學院共招收研究生1400名，從中選擇數(shù)、理、化、專業(yè)課和外語課基礎較好的170人，準備出國留學。
1980年，五屆人大常委會第13次會議通過《中華人民共和國學位條例》，學位條例規(guī)定“碩士學位、博士學位，由國務院授權的高等學校和科學研究機構授予”，以立法的形式確立了中國的研究生教育是由高等學校和科學研究機構共同進行。首任國務院學位委員會主任由時任中國科學院院長的方毅出任。
1981年5月20日，國務院批準實施《中華人民共和國學位條例暫行實施辦法》。
1983年5月27日，國務院學位委員會和北京市人民政府在人民大會堂聯(lián)合召開博士、碩士學位授予大會，共授予新中國首批18人博士學位，其中馬中騏（高能物理研究所）、謝惠民（系統(tǒng)科學研究所）、馮玉琳（計算技術研究所）、黃朝商（理論物理研究所）、徐功巧（生物物理研究所）、徐文耀（地球物理研究所）6人來自研究生院。
1980年1月16日，嚴濟慈同意李政道在美國同各大學聯(lián)系招考研究生時，使用“中國科學院研究生院”名稱。1982年，中國科學院黨組批準研究生院在對外交流中，同時使用“中國科學院研究生院”和“中國科技大學研究生院”的名稱。1986年10月，中國科技大學研究生院（合肥）成立。
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