研究生院成立以后，由于種種原因，研究生院的研究生教育未被納入國民教育體系，影響了中國科學(xué)院研究生教育的發(fā)展速度，使得中國科學(xué)院的研究生教育規(guī)模遠(yuǎn)不能適應(yīng)科學(xué)研究發(fā)展的需要、國家創(chuàng)新體系建設(shè)的需要、國家經(jīng)濟建設(shè)和社會發(fā)展的需要。隨著知識創(chuàng)新工程的不斷深入開展，中國科學(xué)院并未形成適應(yīng)創(chuàng)新體系所需要的研究生教育管理體系，健全教育管理機構(gòu)成為一項重要工作。在這種背景下，中國科學(xué)院于2000年6月在上海召開教育工作會議，會上全院形成了創(chuàng)辦新研究生院的共識。
2000年7月，中國科學(xué)院成立“中國科學(xué)院研究生院籌建工作小組”，開始新研究生院的籌建工作。
2000年9月20日，中國科學(xué)院向國務(wù)院提交《關(guān)于中國科技大學(xué)研究生院（北京）更名為中國科學(xué)院研究生院的報告》，將當(dāng)時全院109個研究所的研究生教育進(jìn)行體制機制改革和資源整合，在中國科技大學(xué)研究生院（北京）的基礎(chǔ)上，更名組建中國科學(xué)院研究生院。
2000年12月29日，國務(wù)院學(xué)位委員會、教育部下發(fā)《關(guān)于同意調(diào)整中國科學(xué)院研究生培養(yǎng)和學(xué)位授權(quán)管理體制及更名的批復(fù)》，中國科學(xué)院研究生院正式更名組建，并將中國科學(xué)院5個學(xué)部和作為學(xué)位授予單位各研究所的18個一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點、24個二級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點、23個二級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點歸入中國科學(xué)院研究生院。從此，中國科學(xué)院的研究生教育進(jìn)入了一個嶄新的發(fā)展階段。
2001年2月，中國科學(xué)院下發(fā)文件，明確了研究生院“三統(tǒng)一、四結(jié)合”的辦學(xué)方針，即“統(tǒng)一招生、統(tǒng)一教育管理、統(tǒng)一學(xué)位授予”的職能和“院所結(jié)合的領(lǐng)導(dǎo)體制，院所結(jié)合的師資隊伍，院所結(jié)合的管理制度，院所結(jié)合的培養(yǎng)體系”的組織形式。同年5月22日，新研究生院更名成立的揭牌儀式在北京玉泉路園區(qū)隆重舉行，標(biāo)志著研究生院的建設(shè)與發(fā)展從此進(jìn)入一個新的歷史時期。
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