2012年6月，經教育部、中編辦批復，中國科學院研究生院正式更名為中國科學院大學（簡稱：國科大），并確立了“科教融合、育人為本、協同創新、服務國家”的辦學方針。
2014年，國科大經教育部批準開始招收本科生，進行拔尖創新人才培養的積極探索。當年，國科大招收首屆本科生332名，分布在數學、物理學、化學、生命科學、材料科學與工程、計算機科學與技術6個專業。招收本科生，標志著國科大形成了以研究生教育為主的完整的高等教育體系，是國科大發展歷程中的里程碑。2016年1月4日，中國科學院大學加入“基礎學科拔尖學生培養試驗計劃”。目前，本科生招生已經擴展到9個專業，累計招生1462名。
自2014年，國科大積極推進科教融合基礎學院的建立，落實基礎學院由高水平研究所承辦、教研室建在科研實力最強的實驗室、學院領導班子由研究所提名等一系列科教融合舉措，最大限度發揮研究所承辦國科大基礎學院的自主權和辦學活力。2016年，繼續深化科教融合學院建設，科教融合學院一般由一個高水平的北京地區研究所牽頭承辦，其他相關研究所參與承辦。牽頭承辦研究所為學院建設的第一責任單位，由其法定代表人任學院院長或常務副院長。
2017年，國科大第七次黨委會，審議并原則通過《關于國科大深化科教融合工作的思路和建議》的報告，決定從2017年起，啟動實施以人才隊伍建設為核心的“科教融合3.0”。在7月28日召開的夏季中國科學院黨組擴大會上獲得批準。
